Í fjarlægum ótrúlegum heimi búa verur eins og Pokémon. Þeim er skipt í hópa sem dýrka náttúruanda. Einu sinni fluttu dýrkendur anda elds og vatns helgisiði og kölluðu þessa guðlegu aðila inn í þennan heim. En þeir reyndust vera mjög vondir andar og fóru úr böndunum. Nú er öll plánetan í ringulreið og náttúruhamfarir eru stöðugt að eiga sér stað. Þú í leiknum Pokemon Emerald Version verður að berjast við þá. Fyrir framan þig á skjánum sérðu ákveðið svæði þar sem persónurnar þínar verða staðsettar. Þeir munu til dæmis ráðast á anda Elds. Þú verður að stjórna aðgerðum þeirra með sérstöku stjórnborði. Með hjálp þess neyðir þú Pokémon þinn til að beita ýmsum töfraþulum sem þeir munu skaða andstæðing sinn með.
