Japan til forna, það voru sérstök musteri þar sem þau undirbjuggu stríð eins og Ninja. Þú í leiknum Ninja Runs 3d fer til eins þeirra og hjálpar einum Ninja að fara í gegnum ýmis konar þjálfun. Í dag verður hetjan þín að hlaupa meðfram sérsmíðuðum hindrunarleið ásamt öðrum ninjum og koma fyrst í mark. Þú munt stjórna aðgerðum hans. Þú verður að hoppa yfir margar hindranir, klifra ýmsar hindranir og framkvæma margar fleiri aðgerðir sem munu hjálpa Ninja þínum að vinna keppnina.
