Hetja leiksins Subway Runner 3D missti af síðustu lestinni í neðanjarðarlestinni og ákvað að fara heim gangandi, en meðfram neðanjarðarlestinni, án þess að fara upp á yfirborðið. Lögreglumaður á vakt tók eftir honum og vill stöðva hann, því að ganga á neðanjarðarlestarbrautinni er stranglega bönnuð jafnvel eftir að lestirnar ganga ekki lengur. En þetta stoppaði hetjuna okkar ekki; hann flýtti sér og hljóp til að losna við eftirför lögreglumannsins. Hjálpaðu honum að forðast hindranir, hoppa yfir eða skríða undir þær. Safnaðu mynt og hlaup mun verða arðbært fyrir hetjuna í Subway Runner 3D.