Bubble-hetjan endaði í heimi pop-at og hann var óvingjarnlegur fyrir hetjuna í Bubble Run. Verkefni þitt er að hjálpa bústinn karakter að keyra á stígnum og berjast við brot úr leikfanginu. Skjóttu á þá, umlykjaðu óvininn í bóluna og taktu það síðan um leið og þú nálgast. Í lokin verður hetjan að lenda í manni pop-ait og tortíma honum og skjóta með loftbólum. Þegar öllum bólnum á leikfanginu óvininum er eytt verður óvinurinn sigraður í Bubble Run og þú munt fara á nýtt stig með hetju leiksins.
