Á meðan verið var að rannsaka annað mál fann hetja leiksins Mystery Subway Escape 2, rannsóknarlögreglumaðurinn Michael, leynilegan inngang að yfirgefnum neðanjarðarlestarstöðvum. Fáir vita af þeim. Við erum ekki að tala um tæknigöng heldur stöðvar sem einu sinni voru starfræktar en af einni eða annarri ástæðu reyndust vera lokaðar og ósóttar. Þarna var einhver búnaður, hlutir og hlutir eftir sem ekki var hent vegna þess að þeir gætu samt komið að gagni. Það er þarna sem hetjan okkar mun leita að sönnunargögnum, og síðan leið út, þar sem hurðin þar sem hann kom inn var læst af einhverjum í Mystery Subway Escape 2. Svo virðist sem þeir hafi verið að fylgjast með honum og ákváðu að losa sig við hinn vandvirka einkaspæjara.
