Undanfarið hefur það orðið sífellt erfiðara fyrir býflugna í Bee vs fljúgandi diskum að finna blómahreinsanir til að safna nektar. Þú þarft að fljúga langt til staða sem eru ekki svo öruggir. Ýmsar hindranir birtast á flugleið býflugunnar, þar á meðal óvenjulegar - fljúgandi diskar. Býflugan er ekki lengur hissa á neinu, heimurinn hefur snúist á hvolf og þú getur búist við hverju sem er. Heroine einbeitir sér að því að safna blómum og þú munt hjálpa henni. Og hún mun skjóta krítarkúlum á geimverur. Frá þeim missir platan með geimverunum sjónina og dettur til jarðar. Markmiðið í Bee vs fljúgandi diskum er að leiðbeina býflugunni eins langt og hægt er og safna eins mörgum blómum og hægt er.