Froskurinn bjó í mýrinni sinni og hafði engar áhyggjur. Dagarnir liðu, hún veiddi mýflugur, stökk á hnúfu, hvíldi sig á stóru vatnaliljublaði og var aðeins hrædd við að hitta storka. En dag einn í Frogy Ninja 2D raskaðist rólegt líf frosksins. Ninja-lúsar birtust í mýrum sínum. Þeir eru óvenjulegir og stórir í stærð. Ormar ráðast ekki á, þeir hernema einfaldlega svæði og íbúarnir verða að yfirgefa heimili sín. En froskurinn ætlar ekki að þrauka. Hún setti líka á sig Ninja höfuðband og þú munt hjálpa kvenhetjunni að flýta sér og berja niður lúsurnar frá þeim stöðum þar sem þær festust. Vinsamlegast athugaðu að þegar froskur flýtir getur hann ekki stöðvað; aðeins veggur eða blokk mun stöðva hann. Gullkubbar eru mjög hálar og ómögulegt að grípa í þær í Frogy Ninja 2D.
