Hin unga og sjálfsörugga ninja fór í ferðalag til að öðlast lífsreynslu eftir ráðleggingum viturs kennara. Hann hafði þegar gengið marga kílómetra, séð mikið og oft lent í mismunandi aðstæðum þar sem hann þurfti að nýta færni sína og hæfileika sem hann öðlaðist við nám í klaustrinu. En í Cute Shinobi Escape lendir hann í aðstæðum sem hann getur ekki komist út sjálfur og mun þurfa á hjálp þinni að halda. Hetjan villtist einfaldlega, ekki í skóginum, heldur í fornri byggingu. Verkefni þitt í Cute Shinobi Escape er að finna hetjuna og leiða hann út fyrir fornar byggingar og síðan út úr skóginum.
