Mafían í Japan er kölluð Yakuza og eru mjög alvarleg glæpasamtök sem starfa utan laga eftir eigin reglum. Ef hana vantar eitthvað tekur hún það, burtséð frá lífi og þörfum þeirra sem standa í vegi fyrir þeim. Samurai vs Yakuza kynnir þig fyrir Samurai sem vill bjarga þorpinu sínu. Ræningjarnir voru hrifnir af henni vegna forna musterisins sem er staðsett á yfirráðasvæði hennar. Í þessu musteri eru nokkrar dýrmætar fígúrur sem yfirmaður Yakuza vildi eiga. Hetjan okkar stóð í vegi fyrir heilum mafíuher og mun, með þinni hjálp, hrinda árás svartklæddra ræningja í Samurai vs Yakuza.
