Ninja eyðir nokkrum klukkustundum á hverjum degi til þjálfunar og það er nauðsynlegt til að missa ekki lögun og missa ekki andlit á ögurstundu. Hetja leiksins Jungle Runner er þjálfaður og reyndur stríðsmaður, en þjálfun hans fullnægir honum ekki lengur, það kemur of auðveldlega fyrir hann, sem þýðir að hann þroskast ekki. Þess vegna ákvað hetjan að fara inn í frumskóginn og gera lóðrétt hlaup í gegnum trén. Hetjan mun þjóta upp á við með ótrúlegum hraða og verkefni þitt er að ganga úr skugga um að hann rekast ekki á neitt eða neinn. Það kemur í ljós að ninjan okkar er ekki ein í frumskóginum, auk þess munu stökkbreyttar býflugur í Jungle Runner reyna að stöðva hann.
