Sonic hefur tækifæri til að takast á við gamla óvin sinn Knuckles. Blái broddgelturinn fékk óvæntar upplýsingar um staðsetningu andstæðings síns og hyggst fara þangað. Ásamt vini sínum og aðstoðarmanni Tails munu hetjurnar fara til eyjunnar með flugvél. Eftir lendingu munu þeir hitta Knuckles en hann hverfur fljótt. Þú verður að hjálpa Sonic og vini hans að elta illmennið. Hann setti fullt af gildrum á eyjuna svo enginn gæti náð honum, en ekki er hægt að stöðva Sonic og þú munt stranglega stjórna hreyfingu hetjunnar og koma í veg fyrir að hann lendi í beittum toppum. Safnaðu hringjum, þeir munu alltaf nýtast hetjunni í Sonic 3 & Knuckles.
