Fuglaflutningur er árlegur farfuglaflutningur til hlýrra svæða. Þegar haustið kemur fara margar fuglategundir suður til að lifa af kaldan vetur. Endur eru ein af þeim og í leiknum muntu hjálpa einni önd að sigrast á erfiðu flugi. En fyrst þarftu að velja persónu úr hetjunum sem koma fram í leiknum: Pam, Mac, Dan frændi, Gwen og Dax. Hver þeirra mun hlýða stjórn þinni. Söguþráðurinn í Migration Flappy Duck er að fuglinn þinn hefur fallið á bak við hjörðina. Þegar allir ættingjar hennar flugu í burtu skemmdist vængurinn en nú hefur hann gróið og þú getur reynt að ná hjörðinni og fljúga saman. En fyrst þarftu að yfirstíga margar hindranir og blaka vængjunum kröftuglega án hlés í Migration Flappy Duck.
