Í seinni hluta Pandemic 2 leiksins muntu halda áfram verkefni þínu til að eyða öllu mannkyni sem banvænn heimsfaraldur. Leikurinn byrjar með því að þú velur tegund sjúkdóms: vírus, bakteríur eða sníkjudýr. Þú velur síðan upphafspunkt fyrir sýkingu þína. Þaðan verður þú að dreifa sjúkdómnum þínum til umheimsins. Með því að dreifa sér um heiminn geturðu bætt sjúkdóminn þinn og gert hann þannig að fólk þjáist ekki af honum. Breyttu vírusnum þínum stöðugt þannig að mannkynið komist ekki með lækningu við honum. Svo smám saman muntu eyða öllum íbúa plánetunnar í leiknum Pandemic 2
