Ninjan var nýkomin úr gönguferð og ákvað að heimsækja heimaklaustrið sitt, þar sem hann lærði og uppáhaldskennarinn sinn, sem gaf honum mikla þekkingu og kenndi honum að stjórna líkama sínum og anda. Hann fann munkana í örvæntingu og mikilli gremju. Daginn áður réðst rauði samúræinn á klaustrið og stal safni af fornum steinum með rúnum. Þetta eru helgir steinar sem hafa verið geymdir í klaustrinu um aldir. Hetjan okkar sór að skila öllu stolnu og lagði strax af stað í ferðina. Hjálpaðu hetjunni í Ninja Run að uppfylla heilagt verkefni sitt. Ninjan mun hlaupa, og þú munt hjálpa honum að hoppa yfir hindranir og yfir óvini í tíma, safna steinum.
