Mismunandi alheimar, hver á eftir öðrum, eru teknir af skrímslum Skibidi salernum. Mario fylgist grannt með fréttunum og skilur að fyrr eða síðar munu þeir komast til Svepparíkisins. Hann ákvað að koma í veg fyrir þetta og fór til handtekinna heima til að eyða illmennunum þar. Hann ákvað þetta af ástæðu, hetjan okkar þjónaði lengi í leyniþjónustunni, þó fáir viti af því, og hefur alla nauðsynlega hæfileika. Hetjan mun finna sig á yfirráðasvæðinu sem Skibidi-skrímslin hafa náð. Pípulagningamaður með njósnahæfileika verður að skoða svæðið og reyna að gera allt eins rólegt og hægt er. Hins vegar er ekki hægt að ná algjörri þögn. Stjórna hreyfingu hans með örvunum. Á leiðinni verða hindranir sem þú þarft að hoppa yfir. Árekstrar eru óumflýjanlegir og það er þess virði að búa sig undir þá fyrirfram til að ráðast á úr hentugustu stöðu. Þín mun ekki geta notað vopn, því hávær skot munu vekja óþarfa athygli á persónu hans. Taktu þátt í átökum við óvininn, sláðu með Z takkanum og farðu áfram í Super Spy Mario VS Skibidi Toilet. Hvert stig sem er lokið verður verðlaunað og þú munt geta styrkt Mario.