Apocalypse getur gerst af ýmsum ástæðum, í leiknum Apocalypse Run munt þú hjálpa hetjunni sem var í miðju heimsenda sem birtist í kjölfar uppreisnar vélanna. Gervigreind, sem svo var beðið eftir og dáðst að vegna hraðrar þróunar, ákvað að nú þyrfti hún ekki fólk. Þar að auki eru þeir jafnvel skaðlegir, vegna þess að þeir gera allt vitlaust, hegða sér oft óskynsamlega, eyðileggja umhverfið og drepa sína eigin tegund. Sterk trú hefur myndast í huga vélarinnar að maðurinn sé helsta illskan á jörðinni og verði að eyða. Þannig hófst kerfisbundin eyðilegging mannkyns og hetjan í Apocalypse Run vill forðast þetta og þú munt hjálpa honum að berjast við vélmenni.
