Í seinni hluta MineClicker 2 muntu hjálpa karakternum þínum að kanna afskekkt svæði. Fyrir framan þig mun karakterinn þinn vera sýnilegur á skjánum, sem verður staðsettur á ákveðnum stað. Þú þarft að stofna tjaldsvæði fyrst. Til að gera þetta mun persónan þurfa fjármagn. Þú verður að finna þá og byrja að smella á þá með músinni. Þannig munt þú vinna úr þessum auðlindum. Þegar ákveðinn fjöldi þeirra safnast upp mun persónan byggja upp herbúðir. Þá mun hann byrja að kanna svæðið. Í ferðum sínum mun hann þurfa að berjast við ýmis skrímsli. Að drepa þá gefur þér stig í MineClicker 2.
