Í Ben 10: Brains vs Bugs þarftu að hjálpa fyndinni grænni geimveru að losa rænt vini hans. Fyrir framan þig mun karakterinn þinn vera sýnilegur á skjánum, sem verður staðsettur á ákveðnum stað. Með því að nota stýritakkana muntu leiðbeina aðgerðum hans. Hetjan þín verður að ganga eftir ákveðinni leið og sigrast á ýmsum gildrum og öðrum hættum. Á leiðinni mun hann safna gullpeningum og öðrum gagnlegum hlutum sem munu færa þér stig í leiknum Ben 10: Brains vs Bugs og getur gefið persónunni margs konar bónusa. Persónan þín verður líka að berjast við pöddur sem munu rekast á á vegi hans.
