Gaur að nafni Tom erfði litla verksmiðju sem var í hnignun. Hetjan okkar ákvað að byrja að þróa það. Í Mega Factory leiknum muntu hjálpa honum með þetta. Karakterinn þinn mun vera sýnilegur á skjánum fyrir framan þig, sem verður staðsettur í einu af húsnæði verksmiðjunnar. Það fyrsta sem þú þarft að gera er að fara í gegnum það og skoða allt vandlega. Þú þarft að safna gullpeningum sem eru dreifðir á gólfið í herberginu. Þá munt þú setja verksmiðjubúnaðinn í notkun. Hún mun byrja að framleiða vörur sem þú þarft að pakka. Þú munt síðan hlaða vörunni á vörubíl sem mun koma henni til viðskiptavina. Fyrir þetta færðu peninga. Þú getur eytt þeim í kaup á nýjum búnaði fyrir verksmiðjuna, hráefni til vinnu og ráðningu starfsmanna. Svo smám saman í leiknum Mega Factory muntu skipuleggja vinnu verksmiðjunnar.
