Hugrakkur ninja að nafni Kyoto verður að klifra upp á þak hárar byggingar. Þú í leiknum Ninja Up mun hjálpa persónunni í þessu ævintýri. Fyrir framan þig mun ninjan þín sem stendur á jörðinni sjást á skjánum. Á merki mun karakterinn þinn byrja að hoppa í ákveðna hæð. Þú þarft að draga línu undir ninjan með músinni. Um leið og þú teiknar það birtist sérstakt gúmmíreipi. Hetjan þín, eftir að hafa fallið á hana, mun hoppa og fljúga upp. Þannig að með því að teikna þessar reipi í leiknum Ninja Up muntu smám saman hjálpa hetjunni að klifra upp á þak byggingarinnar. Á sama tíma, á leiðinni, verður þú að hjálpa ninjunni að safna hlutum sem munu hanga í loftinu á ýmsum stöðum á leikvellinum. Fyrir val þeirra í leiknum Ninja Up mun gefa þér stig.
