Tilraunir voru gerðar á aðalpersónu Mutant Escape leiksins á leynilegri rannsóknarstofu. Vísindamenn komu með stökkbrigði frá honum til hernaðarþarfa. Einu sinni gleymdi einn varðanna að loka hurðinni að klefanum og hetjan okkar gat komist út. Nú mun hann geta sloppið, og þú munt hjálpa honum við þetta. Með því að nota stýritakkana muntu gefa til kynna í hvaða átt karakterinn þinn verður að fara. Á leiðinni verður hann að safna ýmsum hlutum og vopnum. Verðir ganga um rannsóknarstofuna þar sem persónan þín þarf að taka þátt í bardaga. Með því að skjóta nákvæmlega eyðirðu andstæðingum þínum og fyrir þetta færðu stig í Mutant Escape leiknum. Þú getur líka tekið upp bikara sem geta fallið út úr vörðunum.