Á ferðalagi um heiminn datt Naruto óvart inn í gátt sem tók hann inn í skuggaheiminn. Nú mun hetjan okkar þurfa að finna leið sína heim. Þú í leiknum Naruto Shadow Adventures mun hjálpa honum með þetta. Með því að nota stýritakkana muntu þvinga hetjuna til að fara áfram í gegnum svæðið. Á leiðinni mun hann yfirstíga ýmsar hindranir og gildrur. Alls staðar munu dreifast mynt og aðrir hlutir sem hetjan þín verður að safna. Ef þú rekst á íbúa þessa heims, skugga stickmen, verður þú að berjast við þá. Með því að stjórna aðgerðum Naruto muntu ráðast á óvininn. Með því að eyðileggja óvinina muntu fá stig og taka upp titlana sem munu detta út úr því.
