Ninjan ákvað að teygja fæturna og hlaupa um borgina og safna peningum. Í leiknum Ninja Runner muntu hitta hetju og hjálpa honum að raða borgarparkour. Það eru engar óyfirstíganlegar hæðir fyrir kappann, þú getur smellt á gaurinn nokkrum sinnum og hann hoppar á hvaða tind sem er: pallur, turn og annan tind. Eftir að hafa keyrt í gegnum borðið geturðu haldið áfram á annað, en farðu varlega, á nýjum borðum verða fleiri hindranir í formi skarpra toppa sem þú þarft ekki að hoppa á til að missa ekki lífshjörtu. Það eru fleiri og fleiri skarpar hindranir, sem þýðir að þú verður að vera mjög fljótur og lipur til að bjarga ninjunni frá því að missa mannslíf í Ninja Runner.
