Í átt að lítilli byggð í Japan er ræningjadeild á ferð. Þeir drepa þó heimamenn og ræna þorpið. Hugrakkur ninja stríðsmaður stóð upp til að vernda heimamenn. Þú í leiknum Phase Ninja mun hjálpa hetjunni að berjast gegn illmennunum. Fyrir framan þig á skjánum verður sýnilegt svæði þar sem karakterinn þinn verður staðsettur. Óvinadeild mun fara í áttina að honum. Með hjálp ýmissa kastvopna og boga með örvum geturðu eyðilagt andstæðinga í fjarlægð. Þegar óvinurinn kemst nærri dregur þú sverðið þitt og tekur þátt í nánum bardaga. Með því að slá með sverði á óvininn muntu eyða þeim og fá stig fyrir það. Eftir dauða óvina muntu geta tekið upp titla sem munu falla úr þeim.
