Hin hugrökku ninja í Kyoto, samkvæmt fyrirmælum yfirmanns reglu sinnar, verður að fara til myrkra landa og finna þar forna gripi. Þú í leiknum Ninja vs Zombies verður með honum í þessu ævintýri. Hetjan þín mun þurfa að fara í gegnum marga staði og sigrast á ýmsum hættum. Hjörð af zombie reika um staðina sem hetjan þín verður að berjast við. Inn í bardaga við þá mun hetjan nota ýmis vopn. Með því að eyða lifandi dauðum færðu stig og þú getur líka safnað titlum sem falla úr þeim. Með stigunum sem þú færð geturðu keypt ýmis vopn og skotfæri fyrir karakterinn þinn í leikjabúðinni.
