Djúpt í frumskóginum býr górilla að nafni Donkey sem hjálpar alltaf vinum sínum. Einu sinni ákvað persónan okkar að fara að heimsækja fjarskylda ættingja sína sem búa hinum megin í frumskóginum. Þú í leiknum Super Donkey Kong 99 verður að hjálpa hetjunni í þessu ævintýri. Karakterinn þinn mun vera sýnilegur á skjánum fyrir framan þig, sem, undir leiðsögn þinni, mun halda áfram eftir stígnum og auka smám saman hraða. Á leiðinni verður karakterinn þinn að safna bönönum og gullpeningum sem eru dreifðir út um allt. Hann mun einnig þurfa að yfirstíga ýmsar gildrur og hindranir sem rekast á á vegi hans.
