Í leiknum Atom War muntu fara til heimsins þar sem minnstu agnirnar búa, sem við köllum frumeindir. Stríð er hafið í þessum heimi og þú munt taka þátt í því. Þú munt sjá rauða atómið þitt á skjánum fyrir framan þig. Það mun hafa ákveðna stærð og lítið kraftsvið mun sjást í kringum það. Í kringum atómið þitt munu aðrar agnir byrja að birtast með bláum lit. Þú verður að skoða þau vandlega og finna þá sem eru minni en karakterinn þinn að stærð. Þetta þýðir að þessar agnir eru veikari en atómið þitt. Þú verður að elta þá og ráðast síðan á. Með því að eyða bláa atóminu færðu stig og karakterinn þinn verður stærri og sterkari.
