Í nýja Pen Boy Runner leiknum þarftu að hjálpa rauða pennanum að fara ákveðna leið og komast á endapunkt ferðarinnar. Fyrir framan þig á skjánum mun vera sýnilegt á ákveðnu svæði þar sem penninn verður staðsettur. Með því að nota stýritakkana muntu leiðbeina aðgerðum hennar. Ýmsir hlutir verða á víð og dreif um staðinn sem virka sem hindranir. Frá handfanginu muntu yfirgefa staðsetningu punktalínunnar. Það segir þér leiðina sem penninn þinn mun hreyfast eftir. Eftir að hafa farið í gegnum það og safnað ákveðnum hlutum á leiðinni muntu finna sjálfan þig á endalínunni. Um leið og handfangið fer yfir það færðu stig og ferð á næsta stig leiksins.
