Tveir hlauparar munu fara inn á brautina í Magic Run 3D leiknum og þú munt stjórna einum þeirra til að hjálpa honum að vinna og þér til að standast stigið. Hetjan þín mun fara í gegnum fyrsta stigið ein, því þú þarft að sætta þig við og skilja hvernig á að bregðast við og hvað á að nota. Þegar þú nálgast næstu hindrun skaltu smella á hetjuna þannig að hún umbreytist á töfrandi hátt og fari auðveldlega framhjá henni. Í öðru tilvikinu mun hann þurfa styrk og í hinu handlagni. Að klifra háa veggi eða hlaupa á hvolfi. Eftir að hafa staðist þjálfunarstigið ertu tilbúinn í keppnina og geispaðir síðan ekki í Magic Run 3D.
