Mario, pípulagningamaður sem við öll elskaði, fékk áhuga á slíkri götuíþrótt eins og parkour. Hetjan okkar ákvað að þjálfa sig í þessari íþrótt á þökum borgarbygginga. Þú í Super Mario City Run verður með honum á þessari æfingu. Fyrir framan þig á skjánum muntu sjá Mario standa á þaki hússins. Undir leiðsögn þinni mun hann hlaupa áfram smám saman og auka hraða. Horfðu vandlega á skjáinn. Á leið hetjunnar þíns verða bilanir sem skilja þök bygginga að. Þegar hann hleypur upp að einum þeirra í ákveðinni fjarlægð, verður þú að láta hann hoppa. Þannig mun hetjan þín hoppa yfir þessa hættu. Einnig munu hindranir birtast fyrir framan Mario. Á sumum þeirra mun hann geta klifrað á hlaupum, undir öðrum, þvert á móti, þarf hann að keyra á bakinu undir botninum. Á leiðinni verður Mario að taka upp ýmsa hluti sem gefa þér stig og geta gefið hetjunni ýmiss konar bónusa.
