Forn púki braust út úr haldi og eyðilagði ásamt her þjónum sínum mannvistarbyggð í Japan. Hinn hugrakkur ninja stríðsmaður Kyoto ákvað að hefna ættingja sinna og eyða her myrkranna og púkanum sem leiðir hann. Þú í leiknum Shadow Ninja Revenge mun hjálpa honum í þessu ævintýri. Áður en þú á skjánum verður sýnilegt á ákveðnu svæði þar sem karakterinn þinn verður staðsettur. Með því að nota stýritakkana muntu leiðbeina aðgerðum hans. Ninjan þín mun hlaupa áfram og safna ýmsum gagnlegum hlutum sem eru dreifðir um allan stað á leiðinni. Á leið hans verða ýmsar hindranir og gildrur sem hann verður að hoppa yfir á hlaupinu. Eftir að hafa hitt einn af andstæðingunum mun hetjan þín skjótast inn í baráttuna. Með því að nota sverð og ýmis kastvopn verður hann að eyða óvininum.
