Leynifulltrúinn, kenndur við #46, mun þurfa að sinna fjölda verkefna um allan heim í dag. Þú í leiknum Super Spy Agent 46 mun hjálpa honum með þetta. Með því að velja verkefni muntu finna sjálfan þig á ákveðnu svæði. Með því að nota stjórntakkana færðu hetjuna þína áfram. Horfðu vandlega í kringum þig. Um leið og þú tekur eftir óvininum skaltu miða vopninu þínu að honum og ná honum í svigrúmið. Þegar þú ert tilbúinn skaltu opna eld til að drepa. Með því að skjóta nákvæmlega muntu drepa óvini. Fyrir þetta færðu stig. Eftir dauða óvinar geta bikarar fallið úr honum. Þú verður að safna þessum hlutum. Þeir munu hjálpa hetjunni þinni að lifa af og vinna frekari bardaga.
