Í seinni hluta Ninja Dogs 2 muntu halda áfram að hjálpa hópi ninja hunda að berjast við verðirnir úr kattaríkinu. Í dag verður þú að ráðast á kastala þeirra og handtaka þá eða eyðileggja þá. Fyrir framan þig á skjánum muntu sjá ákveðið svæði þar sem byggingarnar verða staðsettar. Inni í byggingunum muntu sjá hermannaketti. Byssu verður komið fyrir í ákveðinni fjarlægð frá byggingunum. Með hjálp hennar muntu skjóta hundana þína með stríðum þínum og þeir, sem hafa flogið ákveðna vegalengd, rekast á vegg hússins og eyðileggja árásarketti hennar. Til að gera þetta þarftu að reikna út ferðir skotanna. Eftir að hafa eytt öllum köttunum færðu stig og ferðu á næsta stig leiksins.
