Hingað til þurfti Mario aðeins að takast á við vonda sveppi, snigla og aðra handlanga eilífa óvinar síns Bowser. En þetta eru bara blóm miðað við það sem bíður hans í Super Mario Commander. Óhugnanleg árás úr geimnum var óvænt gerð á World of Mario. Hræðilegar og grimmdarverur, vopnaðar til tanna, ollu eyðileggingu í ríki sem áður var friðsælt. Mario verður að taka upp alvarlegt vopn og leika hlutverk ofurhetju. Og til að hann nái árangri, hjálpaðu pípulagningamanninum að tileinka sér nýtt hlutverk fyrir sig. Það er nauðsynlegt að hreinsa pallana fyrir geimpírata og koma heiminum aftur til jarðar í Super Mario Commander.
