Hugrakkur samúræi að nafni Kyoto býr í pixlaheiminum. Í dag verður hetjan okkar að ferðast til afskekktra svæða lands síns og berjast við ýmsa glæpamenn þar. Þú í leiknum Pixel Samurai mun hjálpa honum í þessu. Samúræjinn þinn verður sýnilegur á skjánum fyrir framan þig, sem er staðsettur á ákveðnu svæði. Með því að nota stjórnlyklana færðu hann til að hlaupa áfram. Horfðu vel á skjáinn. Á leið hetjan þín mun birtast ýmis konar hindranir og holur í jörðu. Þegar persóna þín er í ákveðinni fjarlægð frá þessu hættulega svæði verður þú að láta hann hoppa. Þannig mun hetjan þín fljúga um loftið í gegnum þessa hættu og geta haldið áfram á leið sinni.
