Venjulega er leikjaheimurinn tryggur öllum sem vilja læra að fljúga og reyna fyrir sér í fluginu. En í Flappy Annihilation 2 verður allt öfugt. Þú hefur smíðað sérstaka útrýmingaraðila sem er hannaður til að missa ekki af einni fljúgandi veru. Tveir öflugir dálkar, annar neðst og hinn efst, þegar þú pikkar á skjáinn, sameinast og tengist með kraftmiklu hljóði. Allt sem kemst á milli þeirra breytist í blóðugt hakk. Verkefni þitt er að endurvinna alla kjúklingana sem ímynduðu sér að þeir væru fljúgandi fuglar. Þetta verður síðasta flug þeirra. Ef þú saknar þriggja kjúklinga er leikurinn búinn og stig þín í Flappy Annihilation 2 verður minnst að eilífu.