Vera að nafni Pixelmon býr í Minecraft heiminum. Einhvern veginn fór hetjan okkar til afskekktustu svæða landsins til að setjast hér að og byggja lítinn bæ. Þú í leiknum Pixelmon Craft mun hjálpa honum í þessu. Fyrir framan þig á skjánum sérðu persónu þína, sem er á ákveðnum stað. Hliðinni á því verður lítið kort sýnilegt með táknum sem gefa til kynna staðsetningu ýmissa auðlinda. Hetjan þín verður að heimsækja alla þessa staði og fá þessi úrræði. Síðan, með sérstökum stjórnborði, byrjar þú að byggja ýmsar byggingar fyrir þarfir hetjunnar okkar. Þú getur líka búið til ný tæki og vopn.
