Ungi strákurinn Naruto er talinn einn besti bardagamaðurinn í höndunum. Oft, hetjan okkar hjálpar í bardögum gegn myrkri Ninja skipunum. Svo í dag mun hann þurfa að ljúka fjölda verkefna og í leiknum Naruto Ninja Council muntu hjálpa honum í þessu. Persóna þín verður sýnileg á skjánum fyrir framan þig, sem verður á ákveðnu svæði. Með því að nota stjórntakkana færðu hetjuna þína áfram. Á leið hans mun rekast á hindranir og gildrur, sem Naruto verður að framhjá eða hoppa yfir á hraða. Um leið og þú mætir óvininum byrjar bardaginn. Þú verður að lemja óvininn með höggum og spörkum, auk þess að framkvæma tækni. Verkefni þitt er að slá andstæðinginn út og fá stig fyrir það.
