Ungur strákur Kyoto gekk til liðs við leyndarmál Ninja stríðsmannanna. Hann var sendur til fjalla í sérstöku musteri, þar sem Akademían er staðsett, þar sem öll upphafsstríð eru þjálfuð. Í dag er hetjan okkar með æfingu og þú munt hjálpa honum að stjórna honum í Ninja Academy leiknum. Fyrir framan þig á skjánum sérðu persónu þína, sem stendur í garði musterisins. Sérstök spjaldið með stjórnlyklum verður staðsett undir því. Með hjálp hennar muntu stýra aðgerðum hetjunnar þinnar. Hlutir munu birtast fyrir framan hann frá ýmsum hliðum. Þú sem leiðir hetjuna verður að koma höggum á þá nákvæmlega með hjálp handa eða fóta. Hvert nákvæm högg þitt færir þér ákveðinn fjölda stiga. Eftir að hafa æft höggin muntu fara að vinna úr ýmsum aðferðum.
