Lítill hópur ranglega dæmdra fanga ákvað að skipuleggja flótta. Í leiknum Prison Break 3D muntu hjálpa þeim að komast frítt. Fyrir framan þig á skjánum sérðu hópinn þinn standa á gangi fangelsisins. Þeir gátu opnað lásinn og komist út úr klefanum. Nú verður þú að leiðbeina þeim eftir ákveðinni leið. Þú getur stjórnað aðgerðum þeirra með því að nota stjórnartakkana eða músina. Frumur eru settar upp í fangelsishúsnæðinu og einnig verðir. Þú verður að íhuga þetta. Leið þín verður að vera utan eftirlitssvæðis myndavélarinnar. Einnig ættirðu ekki að lenda í lífinu hjá lífvörðunum. Ef þetta gerist mun vekja viðvörun í fangelsinu og fangar þínir verða gripnir.
