Glaðlegur og hugrakkur pípulagningamaður Super Mario í dag ákvað að hjálpa konunginum og bjarga prinsessunni sem var rænt af myrkri töframanninum. Þú í Super Mario Advance verður að hjálpa honum með þetta. Persóna þín verður sýnileg á skjánum fyrir framan þig, sem verður á ákveðnum stað. Með því að nota stjórnlyklana færðu hann til að hlaupa áfram og safna ýmsum hlutum og gullpeningum á víð og dreif um allt. Á leið þinni muntu rekast á göt í jörðinni og ýmis konar gildrur sem Mario, undir handleiðslu þinni, verður að hoppa yfir. Þú munt einnig rekast á ýmis skrímsli. Hetjan þín getur drepið þau ef hann stökk á höfuð þeirra. Fyrir að drepa hvert skrímsli færðu stig.
