Í fjarlægum heimi þar sem töfrar eru fyrir hendi er stríð á milli tveggja landa. Greindir drekar taka þátt í því frá báðum hliðum. Í dag í leiknum Bakugan Armored Alliance muntu taka þátt í þessum árekstrum og stjórna einum af drekunum. Hetjan þín verður að fljúga yfir tiltekið svæði og eyðileggja alla hernaðarlega hluti sem upp koma á leiðinni. Áður en þú á skjánum sérðu persónuna þína sem þú munt stjórna með hjálp örvarinnar. Um leið og þú tekur eftir skotmarki á jörðinni skaltu fljúga yfir það og anda út logann. Þú verður fyrir árásum af ýmsum flugvélum og öðrum drekum. Þú verður að hreyfa þig í loftinu til að forðast árásir þeirra og skjóta niður öll þessi fljúgandi skotmörk.
