Nýlega er hinn björti og gestrisni Bikini Bottom óþekkjanlegur, hér hefur allt breyst mikið. Uppvakningsveiran smitaði næstum alla íbúa lónsins, aðeins fáir náðu að flýja þessa böl. Hópur SpongeBob, Patrick, Mr. Crabbs, Sandy og Poankton er að reyna að lifa af. En þeir vita ekki enn að nýjar prófraunir bíði þeirra. Hættulegur vírus smitaði dyggan vin Bob, Patrick. Hræðileg stökkbreyting átti sér stað í henni og í stað eins sætrar persónu birtust hjörð af illum stjörnumerkjum af ljótum grágrænum lit. Þeir ráðast á vini okkar en Sandy fann vopn og er tilbúin að skjóta aftur. Hjálpaðu íkornanum að vinna þennan bardaga í Patrick innrásarher.
