Á einni af eyjunum í Kyrrahafinu var leynileg stjórnstöð þar sem vísindamenn gerðu tilraunir á mönnum. En vandinn er sá að prófunaraðilar brutust út og eyðilögðu flesta grunnstarfsmenn. Sumir vísindamennirnir náðu allir að flýja og lokuðu sig inni í mötuneyti stöðvarinnar. Í Cry Islands leiknum verður þú að komast inn í eyjuna og eyða öllum stökkbreytingum. Hetjan þín verður send með þyrlu í ákveðnum hluta eyjunnar. Með vopnin tilbúin verður þú að halda áfram og skoða þig vandlega. Um leið og þú tekur eftir óvininum verður þú að beina vopninu að óvininum og opna eldinn til að drepa. Að skjóta nákvæmlega á óvininn, munt þú tortíma honum. Fyrir hvert dráp færðu ákveðinn fjölda stiga.
