Það er ekki fyrir neitt sem Ninja okkar þreytti sig í mörg ár með þjálfun í háfjallaklaustri. Þökk sé þeim varð hann bestur í viðskiptum sínum, ofurhraður og ofur lipur. Og nú fara örlög heimsins sem hann vill búa í eftir færni hans og getu. Það er sprengihætta í kjarnorkuveri. Það er staðsett fjarri byggð, en ef sprenging verður, verður það af slíkum krafti að það virðist engum. Og frá fæðingarþorpi hetjunnar er ekki einu sinni örfá aska eftir. Þú þarft að komast á stöðina á nokkrum mínútum og slökkva á kjarnaofninum. Það er samt hægt að gera það, en fyrir utan ninjuna, þá hefur enginn þann hraða. En hann verður að hlaupa, framhjá mörgum hindrunum og hér geturðu ekki gert án þess að hjálpa honum að klára stigin áður en tíminn rennur út í leiknum Nuclear Ninja.
