Mörg börn þjást af ýmsum sjúkdómum í æsku. Þess vegna fara foreldrar þeirra oft á sjúkrahúsið þar sem þeir eru meðhöndlaðir. Í Happy Doctor Mania munt þú starfa sem læknir á einu sjúkrahúsi borgarinnar. Börn verða leidd á stefnumótið þitt í dag. Þegar þú hefur valið sjúkling finnurðu þig á skrifstofunni með honum. Fyrst af öllu verður þú að skoða sjúklinginn til að greina sjúkdóm hans. Þegar þú þekkir það birtist sérstakt stjórnborð. Með hjálp þess er hægt að nota ýmis konar lækningatæki og lyf. Með því að framkvæma ákveðnar aðgerðir stöðugt, læknar þú sjúklinginn og heldur áfram til næsta sjúklings.