Hugrakki pípulagningamaðurinn Mario var fluttur um gátt í annan heim. Nú þarf hetjan okkar að finna leið út úr því og í Super Mario 64 munt þú hjálpa honum í þessu. Fyrir framan þig á skjánum sérðu ákveðið svæði þar sem persóna þín verður. Með hjálp stjórnknappanna geturðu sagt honum í hvaða átt hann verður að fara. Hetjan þín mun hlaupa áfram og öðlast smám saman hraða. Á leið sinni mun hann rekast á ýmis konar gildrur og hindranir. Sumir þeirra munu hetjan þín fara framhjá undir forystu þinni. Yfir hina verður hann að hoppa yfir. Ef þú hefur ekki tíma til að bregðast við, mun hetjan þín falla í gildru og deyja. Ýmsir gullpeningar og aðrir hlutir munu dreifast um allt. Mario undir leiðsögn þinni verður að safna þeim öllum.
