Ævintýri Tom og Jerry koma niður á því að önnur hetjan skellir hinni og þá hleypur kötturinn á eftir músinni fyrir hvaða útkomu sem er. Í leiknum Tom og Jerry Run muntu hjálpa músinni. Hann er oftast fórnarlamb óréttlætisins og verður að flýja. Að þessu sinni verður hann að hlaupa langt og langt, en þetta er undir þér komið. Leiðbeindu hetjunni svo hann forðist hindranir eða hoppi yfir þær. Safnaðu mynt og oststykki. Þú getur eytt peningunum í versluninni með því að kaupa það sem er á lager. Almenna verkefnið er að láta músina hlaupa eins langt og hægt er.
