Í nýjum Ninja Run leik þarftu að hjálpa hraustum Ninja að klára verkefni yfirmanns pöntunar hans. Hetjan þín verður að komast inn á verndaða svæðið og safna þar töfra stjörnum sem birtast þar á ákveðnum tíma. Hetjan þín mun hlaupa á veginum smám saman að öðlast hraða. Um leið og þú tekur eftir stjörnunum, reyndu að safna þeim. Á leiðinni mun rekast á ýmis konar hindranir og gildrur. Þú stjórnar hetjan þín verður að hoppa yfir þá. Ef þú hefur ekki tíma til að bregðast við, þá mun hetjan þín deyja og þú munt mistakast um stig stigsins.
