Verðmætum roltum var stolið úr klaustrinu þar sem ninja hetjan okkar bjó og rannsökuð. Töfra hrísgrjón eru prentuð á þunnt hrísgrjónapappír. Allir sem lesa þær geta orðið höfðingi yfir himnesku heimsveldinu. Verðmætir gripir hafa verið geymdir í skyndiminni í aldaraðir, en einhverjum tókst að stela og flytja þá í burtu. Sensei sendi besta námsmann sinn í leit, en án þín gat hann ekki ráðið í Ninja Run. Gaurinn er á móti ekki bara slæmu fólki, heldur raunverulegum illum samúræpúkum úr undirheimunum. Á lífsleiðinni voru þeir hæfir stríðsmenn og eftir dauðann fóru þeir að þjóna djöflinum og töfrandi færni var bætt við hæfileika sína. Ninja verður að hlaupa, hoppa og kasta stálstjörnum til að takast á við óvini.
